Sau hơn 15 hoạt động, mô hình Đại học Quốc gia được tiếp tục khẳng định đáp ứng nhu cầu đòi hỏi của quá trình đổi mới, nâng cao chất lượng của toàn ngànhgiáo dục - đào tạo. Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh (ĐHQG-HCM) đã được Đảng, Nhà nước quan tâm chỉ đạo và giao cho quyền tự chủ cao, với nhiều ưu tiên đầu tư nhằm phát huy vị thế là trung tâm đào tạo và nghiên cứu khoa học lớn nhất của cả nước để phục vụ cộng đồng, phát triển kinh tế xã hội đất nước.
Công đoàn ĐHQG-HCM là Công đoàn cấp trên cơ sở – một mô hình mới trong hệ thống Công đoàn các trường đại học, được thành lập trên cơ sở công đoàn các trường thành viên có bề dày truyền thống, có kinh nghiệm và năng lực công tác công đoàn; các công đoàn cơ sở đã tạo dựng được phong cách chủ động, hợp tác, chia sẻ trách nhiệm và một môi trường đồng thuận, ổn định, phát triển.
Trong quá trình hoạt động của mình, Công đoàn ĐHQG-HCM được sự lãnh đạo của Đảng ủy vững mạnh, có truyền thống đoàn kết và có kinh nghiệm lãnh đạo trong môi trường đào tạo và nghiên cứu khoa học, đã tập hợp được một đội ngũ cán bộ khoa học, cán bộ quản lý, những chuyên gia đầu ngành có trí tuệ và tâm huyết. Bên cạnh đó, Công đoàn ĐHQG-HCM luôn nhận được sự chỉ đạo của Liên đoàn Lao động Thành phố Hồ Chí Minh (LĐLĐ TP.HCM), Công đoàn Giáo dục Việt Nam (Công đoàn GDVN) và mối quan hệ phối hợp, chia sẻ kinh nghiệm với Công đoàn Đại học Quốc gia Hà Nội, công đoàn các Đại học Vùng và công đoàn các trường đại học lớn khác.
Hiện nay Công đoàn ĐHQG-HCM bao gồm 21 công đoàn cơ sở. Đội ngũ CBVC-LĐ tăng nhanh về số lượng và nâng cao dần về chất lượng. Từ đến năm 2012, CĐ ĐHQG-HCM có 5.025 CBVC-LĐ trong đó có 204 GS và PGS, 848 Tiến sĩ và 1.669 Thạc sĩ. Tổng số Đảng viên trong CBVC-LĐ là 1.267, chiếm tỷ lệ 25%.